Ve dnech 15.2. – 25.4.2016 proběhla v Autoklubu ČR kontrola Ministerstva školství mládeže a tělovýchovy (MŠMT). Kontrola byla zaměřená na hospodaření s finančními prostředky státního rozpočtu poskytnutými v letech 2014 a 2015. Výsledkem více jak dvouměsíční kontroly je konstatování čtyřčlenné kontrolní skupiny odboru kontroly, dozoru a auditu ve veřejné správě MŠMT, že v operacích souvisejících s hospodařením, čerpáním a užitím veřejných prostředků postupoval Autoklub ČR v souladu s podmínkami čerpání dotací. Tyto podmínky jsou nedílnou součástí vydaných rozhodnutích o poskytnutí dotace dle jednotlivých programů platných pro roky 2014 a 2015.